Do niemal każdego dysku sieciowego jest załaczane na płycie CD oprogramowanie przeprowadzające użytkownika przez proces konfiguracji. Tak samo jest w przypadku D-Linka DNS-323.
Po podłączeniu urządzenia do sieci i jego uruchomieniu automatycznie zostanie mu przydzelony adres IP. Jeśli w sieci, do której dysk jest podłączony nie znajduje się serwer DHCP to D-Link będzie miał ustawiony adres na 192.168.0.32. Aby rozpocząć konfigurację należy uruchomić załączoną płyte CD i wybrać Easy Search Utility. Zostanie otwarte nowe okno, w którym znajdziemy informacje na temat wszystkich urządzeń przechowujących dane znajdujących się w sieci. Wybieramy DNS-323 i wchodzimy do konfiguracji. Uruchomiona zostanie przeglądarka internetowa i pojawi się nam okno logowania. Jako login należy wpisać „admin” natomiast hasło pozostawić puste. Przy pierwszym uruchomieniu dysku sieciowego konfigurator będzie wymagał wybrania odpowiedniej konfiguracji RAID. Do wyboru mamy cztery opcje: Standard, JBOD, RAID 0 oraz RAID 1. Po zaznaczeniu odpowiedniej klikamy dalej i po zatwierdzeniu rozpoczynany jest proces formatowania. Gdy się zakończy należy zrestartować urządzenie.
Po ponownym uruchomieniu i zalogowaniu się wyświetli się nam graficzny interfejs użytkownika. U góry ekranu znajdziemy sześć zakładek odpowiadających za różne sekcje konfiguracji. W pierwszej „Setup” znajdziemy kreator konfiguracji urządzenia, ustawienia sieci LAN oraz czasu i daty. W drugiej zakładce „Advance” zamieszczone zostały narzędzia pozwalające administratorowi na konfigurowanie kont użytkowników, grup, przydzielanie im przestrzeni dyskowych oraz ustawienie wbudowanych serwerów, m.in. FTP, iTunes, UPnP. Trzecia zakładka „Tools” zawiera interfejs pozwalający na zmianę ustawień konta administratora, systemu, RAID, powiadomień e-mail, opcji zasilania oraz dynamicznego DNS. Kolejne zakładki to „Status” – informacje o urządzeniu, „Support” – pliki pomocy oraz „Logout” – wylogowanie.